מדידת אפקטיביות של תוכניות חינוכיות היא תמיד מורכבת. על ציר הזמן החניך מושפע מגורמים רבים כמו: התבגרות אישית, מחנכים ותוכניות נוספות הפועלות בשטח ועוד. על כן את האפקטיביות של התוכנית אנו מודדים במספר שיטות:
א. הצלחה אובייקטיבית בתחרויות. כיוון שניווט הוא ספורט מורכב מאוד הדורש כישורים אישיים מרובים ומגוונים, הצלחה בניווט משקפת בהכרח תהליך משמעותי שעבר החניך בהצלחה. אנו משתמשים בתחרויות בתי הספר כנקודת ייחוס אובייקטיבית: כל החניכים שלנו מגיעים לרמה שמאפשרת להם לסיים מסלול ניווט בהצלחה, לא מעט מהם מצליחים להשתבץ בעשירייה הראשונה (מתוך כ-60 מתחרים), והטובים שבהם מצליחים להשתבץ בחמישייה הראשונה. כמעט כל קבוצה מצליחה - לא יאוחר משנתה השלישית בתוכנית "אל קו הגובה" - להעפיל לגמר ליגת בתי הספר, מה שמוכיח הצלחה במחוייבות אישית ובגיבוש קבוצתי.
ב. הערכה סובייקטיבית של מחנכים/מדריכים חברתיים של פעולת התוכנית על החניך הבודד בפרט ועל הקבוצה בכלל. הבאנו כמה הערכות לדוגמא בדף "השותפים שלנו", והרוח המשתקפת מהן היא הרוח אותה אנו שומעים מכל המחנכים/מדריכים המלווים את התוכנית: לתוכנית תרומה משמעותית מאוד לגיבוש הקבוצה, התוכנית מצליחה לעורר ולאתגר נערים ששום פעילות/תוכנית אחרת לא מצליחה לעורר, התוכנית מצליחה ליצור חיבור משמעותי עם הנערים, ובכך היא מחזקת את הזיקה שלהם למסגרת האם (המוסד במסגרתו פועלת התוכנית) ומקטינה בכך את סכנת הניתוק והנשירה
ג. הערכה מקצועית של שיפור במדדים אישיים המבוצעת באמצעות שאלונים. בפיקוח אקדמי של פרופ' ברוך נבו מאוניבסיטת חיפה ביצענו הערכה של מגמת השיפור במספר פרמטרים אצל חניכי התוכנית וביחס לנערים שלא משתתפים בתוכנית:
"סיכום: נראה אם כן, שב"תמונה הכללית" ההתערבות החינוכית של אל קו הגובה, הביאה לתוצאות הרצויות מבחינת התפתחות הנערים במימדים: בניית תחושת בטחון עצמי ומסוגלות עצמית, יכולת השתלבות בתוך מסגרת ויכולת התמדה/דבקות במשימה והתמודדות עם כשלונות."
